口腔基础医学系成立于2008年11月。2008年经学科调整，整合口腔解剖生理、口腔生物学、口腔生物材料学、口腔生物力学、口腔病理学五个教研室成立口腔基础医学系，下设相应五个教研室。次年开始招收口腔基础医学专业硕士、博士研究生。经过9的建设发展，口腔基础医学系已逐步形成了明确的学科建设指导思想和思路，集教学、科研于一体的专业体系，形成多专业、多条理的应用型人才培养模式。始终坚持以教学为中心，以能力培养为重点，以人才质量为根本，以教书育人为目标，为社会培养适应21世纪我国口腔医学临床和科研发展需要的高级应用型人才。口腔基础医学系现有教职员工57人，其中教授11人，副教授21 人，中级职称19人，实验技术人员 6，具有硕士学位以上的46人。博士生导师8人，硕士生导师 11人。经过九年的建设发展，初步建立了一支学历条理、职称结构较为合理的教学队伍，拥有口腔基础医学国家重点学科。为研究生、本科生开设口腔解剖生理学、口腔组织病理学、口腔生物化学、口腔微生物学、牙合学等6门口腔专业基础课。